음압격리병실 내부 공기는 기계 환기를 시킨다. 굉장히 촘촘한 거름망과 몇 단계로 이뤄진 헤파(HEPA, High Efficiency Particulate Air)필터 또는 동급이상의 필터에 통과시켜 공기를 배출시키기 때문에 이 과정에서 병원균 99.99%가 걸러진다.

음압격리병실 내부의 환기는 시간당(AIR CHANGE PER HOUR, ACH) 6~12회 정도 이뤄지는데 ACH6일 경우 한 시간에 음압격리병실 부피의 6배에 해당하는 공기가 주입되는 것을 말한다.

또 정전, 기계고장 등으로 공조시스템이 정지되는 경우에도 공기의 역류로 인한 감염 확산 및 교차 오염이 발생하지 않도록 시스템을 갖춰야 한다.

아울러 탈의실, 복도, 병실 전실, 병실, 화장실, 폐기물 처리실, 장비보관실 등이 포함돼 있는 음압격리구역의 모든 벽체, 바닥, 천장은 공기의 이동 등 누기가 없도록 하고 벽체 이음새는 밀폐처리해야 한다.